明理书院于2020年7月挂牌成立。“明理”提炼自《中庸》“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之”，书院以“价值引领、创新育人”为理念，坚持学生本位，一切以学生成长为中心，努力培养“修身明理、科技报国”的一流青年科技人才。

明理书院坚持创新育人，大力培养学生创新意识和创新能力，以“大班讲座”和“小班研讨”相结合的书院新生研讨课为入口，以兴趣引导、专家指导、学研结合、思辩创造为目标，建设跨年级、跨学院、跨学科的研究性学习创新平台——明理书院创新实验室，为学生提供兴趣驱动的研学指导和科研支持，推进落实教育发展、科技创新、人才培养一体理念。